Post on 06-Jun-2019
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Kolokium Ajeng
Ajeng Siti Fatimah, Achmad Farajallah dan Arif Wibowo. 2009. Karakterisasi GenomMitokondria Gen 12SrRNA - COIII pada Ikan Belida Batik Anggota Famili Notopteridae. Kolokium disampaikan Tanggal 17 Desember 2009. DepartemenBiologi FMIPA IPB.
PENDAHULUANLatar Belakang
Ikan belida tergolong dalam Famili Notopteridae, genus Chitala dengan daerahpersebaran meliputi India, Pakistan, Bangladesh, Srilanka, Nepal, Thailand danIndonesia (Jawa, Sumatera dan Kalimantan).
Ikan belida memiliki nilai ekonomi yang tinggi karena dagingnya yang enak danpola sisiknya yang unik sehingga dimanfaatkan untuk konsumsi ataupun ikan hias,bahkan di Sumatera Selatan digunakan sebagai maskot dan pembuatan makanankhas lokal (Madang 1999). Secara umum populasi Chitala sp. di seluruh dunia terusmenurun khususnya di Sumatra Selatan penurunan populasi terutama diakibatkankerusakan habitat dan penangkapan langsung dari alam. Oleh karena itu, Conservation Assessment and Management Plan (CAMP) mengkategorikan Chitalasp. sebagai spesies langka (Sarkar et al. 2008). Pemerintah juga mengeluarkan SKMentan No.716/Kpts/UM/ 10/1980 dan PP 7/1999 yang menyatakan bahwa semuajenis ikan dari genus Notopterus merupakan ikan yang dilindungi. Salah satu upayauntuk melestarikan ikan belida ialah dengan mengumpulkan informasisebanyak-banyaknya baik informasi morfologi maupun genetik. Informasi genetikantara lain didapatkan dengan melakukan karakterisasi genom mitokondria sebagaidasar aplikasi lanjutan yang terkait dengan populasi belida.
Genom mitokondria hewan merupakan genom sitoplasmik yang diwariskan secaramaternal, dan tidak mengalami rekombinasi. Dengan begitu, keragaman yangditemukan pada genom mitokondria disebabkan oleh kejadian mutasi. Genommitokondria terdiri atas 2 gen penyandi rRNA, 22 tRNA, dan 13 protein yangterlibat dalam rangkaian rantai respirasi selular, dan satu ruas yang berfungsisebagai pengontrol transkripsi yang dikenal sebagai dloop. Pada saat ini, genommitokondria sangat populer dijadikan sebagai penanda molekular untukmempelajari berbagai fenomena populasi hewan, baik analisis intraspesies maupuninterspesies.
page 1 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Tujuan
Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi runutan nukleotida genommitokondria gen 12SrRNA-COIII pada ikan belida batik anggota Famili Notopteridae.
Waktu dan Tempat
Penelitian akan dilaksanakan pada bulan Februari-Agustus 2010 di LaboratoriumZoologi Departemen Biologi, FMIPA, IPB.
BAHAN DAN METODE
Alat dan Bahan
Alat-alat yang akan digunakan ialah Thermocycler TaKaRa MP4, Genomic DNA minikit for fresh blood (Geneaid), PCR kit, dan beberapa labware.
Metode
Ekstraksi dan Isolasi DNA. Isolasi DNA akan dilakukan menggunakan GenomicDNA mini kit for blood (Geneaid) yang dimodifikasi. Sel-sel darah ikan belida yangdisimpan dalam alkohol 70% dicuci dengan air destilata dua kali kemudiandisuspensukan dalam bufer STE (NaCl 1M, Tris-HCL 10mM, EDTA 0.1mM, pH 8)hingga volume 350µl. Sel sel darah dilisis dengan SDS 1% dan proteinase K 0.125mg/ml pada suhu 55oC selama 1 jam sambil dikocok pelan. Metode ekstraksi DNAselanjutnya mengikuti petunjuk Genomic DNA mini kit for fresh blood(Geneaid).
Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA. Amplifikasi genom mitokondria akanmenggunakan primer yang didesain menggunakan Primer 3 (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/). Primer akan dilekatkan ke bagian yang paling
page 2 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
conserved dari hasil pensejajaran genom mitokondria dari 7 spesies anggotaNotopteridae yang ada di GeneBank (www.ncbi.nlm.nih.gov) (Tabel), pada ruasantara gen 12SrRNA sampai ke COIII dengan opsi: product size: 7000-9000, primersize: min 20 – opt 24 – max 27, Tm: min 56 – opt 60 – max 63, GC content: min 33%– opt 48% –max 55%. Reaksi PCR akan dilakukan dengan volume 25 µl yangkomposisi pereaksi dan kondisinya akan dioptimasikan. Komposisi perteaksi yangakan dioptimasikan adalah konsentrasi MgCl2 dan dNTP, sedangkan kondisi PCRyang akan dioptimasikan adalah suhu annealing. Produk PCR akan diujimenggunakan PAGE 6% dalam bufer 1x TBE (10 Mm Tris-HCL, 1 M asam borat, danEDTA 0.1 Mm) yang dijalankan pada kondisi 180 Mv selama 40 menit. SelanjutnyaDNA akan diwarnai dengan pewarnaan sensitif perak.
Tabel Tujuh spesies anggota Notopteridae di GenBank
No. No.Akses
Spesies No. No.Akses
Spesies
1 AP008921
Chitala blanci 5 AP008925
Notopterusnotopterus
2 AP008922
Chitala lopis 6 AP008926
Papyrocranuscongoensis
3 AP008923
Chitala ornata 7 AP008927
Xenomystus nigri
4 AP008924
Notopterusnotopterus
Perunutan Produk PCR. Produk PCR berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai desainprimer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. Tahap pertama PCR for sequencingakan menggunakan primer yang sama dengan sewaktu amplifikasi awal. Runutan DNA yang diperoleh,kemudian dijadikan input untuk mendesain primer berikutnya (primer walking).
Analisis DNA Sequencing. Analisis runutan DNA akan dilakukan menggunakan MEGA 4 (MolecularEvolutionary Genetics Analysis) (Kumar et al. 2008) dan dibandingkan dengan hasil pensejajaran runutannukleotida dari tujuh spesies anggota Notopteridae.
Rencana Kegiatan Penelitian
page 3 / 102page 3 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Kegiatan Bulan ke-1 2 3 4 5 6Ekstraksi dan isolasi DNA √
Optimasi PCR √DNA Sequencing √ √ √ √
Analisis DNA sequencing √ √ √ √Penyusunan Skripsi √ √ √
Seminar √
DAFTARPUSTAKA
Inoue JG,Kumaza
page 4 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
waY,MiyaM,NishidaM.2009.Thehistoricalbiogeography ofthefreshwaterknifefishesusingmitogenomicapproaches:AMesozoicorigin oftheAsiannotopterids(Acti
page 5 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
nopterygii:Osteoglossomorpha).MolecularPhylogeneticsandEvolution 51(2009)486–499.
Kumar S,Dudley J,NeiM &TamuraK(2008)MEGA: Abiologist-centricsoft
page 6 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ware forevolutionaryanalysisofDNAandproteinsequences.BriefingsinBioinformatics 9:299-306.
MadangK .1999.MorfologiHabitatdanKeragamanGenetikKerabatIkan
page 7 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
BelidaDiPerairanSumateraSelatan.Disertasi.ProgramPascaSarjanaInstitutPertanianBogor.
Ratnayani K,WirajanaIN,LaksmiwatAAIAM.2007.AnalisisVariasi
page 8 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
DaerahD-LoopDNAMitokondriapadaSatuIndividu SukuBaliNormal.JurnalKimia 1(1),Januari2007 :7-14.
SarkarUK,NegiRS,DeepakPK,LakraWS,Paul
page 9 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
SK.2008.Biologicalparametersoftheendangeredfish Chitalachitala (Osteoglossiformes:Notopteridae)fromsomeIndianrivers. FisheriesResearch 90(2008)170–177.Aj
page 10 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
engSitiFatimah, AchmadFarajallahdan ArifWibowo.2009. KarakterisasiGenomMitokondriaGen12SrRNA-COIIIpadaIkanBelidaBatikAnggotaFamili Notopteridae.
page 11 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
KolokiumdisampaikanTanggal17Desember2009.DepartemenBiologiFMIPAIPB.
PENDAHULUAN
LatarBelakang
Ikanbelidatergolong
page 12 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
dalamFamiliNotopteridae,genus ChitaladengandaerahpersebaranmeliputiIndia,Pakistan,Bangladesh,Srilanka,Nepal,ThailanddanIndonesia(Jawa,SumateradanKali
page 13 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
mantan).
Ikanbelidamemilikinilaiekonomiyangtinggikarenadagingnyayangenakdanpolasisiknyayanguniksehinggadimanfaatkanuntukkonsums
page 14 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
iataupunikanhias,bahkandiSumateraSelatandigunakansebagaimaskotdanpembuatanmakanankhaslokal(Madang1999).SecaraumumpopulasiChitalasp.diselu
page 15 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ruhduniaterusmenurunkhususnyadiSumatraSelatanpenurunanpopulasiterutamadiakibatkankerusakanhabitatdanpenangkapanlangsungdarialam.Olehkarenaitu,
page 16 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ConservationAssessmentandManagementPlan(CAMP)mengkategorikanChitalasp.sebagaispesieslangka(Sarkar etal.2008).Pemerintahjugamengeluarkan SKMentanNo.716/K
page 17 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
pts/UM/10/1980danPP7/1999yangmenyatakanbahwasemuajenisikandarigenus Notopterusmerupakanikanyangdilindungi.Salahsatuupayauntukmelestarikanikan
page 18 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
belidaialahdenganmengumpulkaninformasisebanyak-banyaknyabaikinformasimorfologimaupungenetik.Informasigenetikantaralaindidapatkandenganmelakukan
page 19 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
karakterisasigenommitokondriasebagaidasaraplikasilanjutanyangterkaitdenganpopulasibelida.
Genommitokondriahewanmerupakangenomsitoplasmikyang
page 20 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
diwariskansecaramaternal,dantidakmengalamirekombinasi.Denganbegitu,keragamanyangditemukanpadagenommitokondriadisebabkanolehkejadianmutasi.Gen
page 21 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ommitokondriaterdiri atas 2 genpenyandi rRNA,22 tRNA,dan13proteinyangterlibatdalamrangkaianrantai respirasiselular,dansaturuasyangberfungsisebagai
page 22 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
pengontroltranskripsiyangdikenalsebagaidloop.Padasaatini,genommitokondriasangatpopulerdijadikansebagaipenandamolekularuntukmempelajariberbagai
page 23 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
fenomenapopulasihewan,baikanalisisintraspesiesmaupuninterspesies.
Tujuan
Penelitianinibertujuanuntukmengkarakterisasirunutannukleotidagen
page 24 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ommitokondriagen12SrRNA-COIIIpadaikanbelidabatikanggotaFamiliNotopteridae.
WaktudanTempat
Penelitianakandilaksanakanpad
page 25 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
abulanFebruari-Agustus2010 diLaboratoriumZoologiDepartemenBiologi,FMIPA,IPB.
BAHANDANMETODE
AlatdanBahan
Alat-
page 26 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
alatyangakandigunakanialah ThermocyclerTaKaRaMP4, GenomicDNAminikitforfreshblood(Geneaid),PCRkit,danbeberapalabware.
Metode
page 27 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
EkstraksidanIsolasiDNA. IsolasiDNAakandilakukanmenggunakan GenomicDNAminikitforblood(Geneaid) yangdimodifikasi.Sel-seldarahikanbelidayang
page 28 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
disimpandalamalkohol70%dicucidenganairdestilataduakalikemudiandisuspensukandalambuferSTE(NaCl1M,Tris-HCL10mM,EDTA0.1mM,pH8)hinggavolume
page 29 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
350µl.SelseldarahdilisisdenganSDS1%danproteinase K0.125mg/mlpadasuhu 55oCselama1jamsambildikocokpelan.MetodeekstraksiDNAselanjutnyamengiku
page 30 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
tipetunjukGenomicDNAminikitforfreshblood(Geneaid).
AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA. Amplifikasigenommitokondriaakanmenggunakanprim
page 31 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
eryangdidesainmenggunakanPrimer 3(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/).Primer akandilekatkankebagianyangpaling conserveddarihasilpensejajarangenommito
page 32 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
kondriadari7spesiesanggotaNotopteridaeyangadadiGeneBank(www.ncbi.nlm.nih.gov)(Tabel),padaruasantaragen12SrRNAsampaikeCOIIIdenganopsi:product
page 33 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
size:7000-9000,primersize:min20 –opt24 –max27,Tm:min56 –opt60 –max63,GCcontent:min33%–opt48%–max55%.ReaksiPCRakandilakukandenganvolume25µl
page 34 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
yangkomposisipereaksidankondisinyaakandioptimasikan.KomposisiperteaksiyangakandioptimasikanadalahkonsentrasiMgCl2dandNTP,sedangkankondisi
page 35 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
PCRyangakandioptimasikanadalahsuhuannealing. ProdukPCRakandiujimenggunakanPAGE6%dalambufer 1xTBE (10MmTris-HCL,1 Masamborat,danEDTA
page 36 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
0.1Mm)yangdijalankanpadakondisi180Mvselama40menit.SelanjutnyaDNAakandiwarnaidenganpewarnaansensitifperak.
TabelTujuhspesiesanggota
page 37 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Notopteridae diGenBank
No. No.Akses
Spesies No. No.Akses
Spesies
1 AP008921
Chitala blanci 5 AP008925
Notopterusnotopterus
2 AP008922
Chitala lopis 6 AP008926
Papyrocranuscongoensis
3 AP008923
Chitala ornata 7 AP008927
Xenomystus nigri
4 AP008924
Notopterusnotopterus
Perunutan Produk PCR. Produk PCR berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai desainprimer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. Tahap pertama PCR for sequencingakan menggunakan primer yang sama dengan sewaktu amplifikasi awal. Runutan DNA yang diperoleh,kemudian dijadikan input untuk mendesain primer berikutnya (primer walking).
Analisis DNA Sequencing. Analisis runutan DNA akan dilakukan menggunakan MEGA 4 (MolecularEvolutionary Genetics Analysis) (Kumar et al. 2008) dan dibandingkan dengan hasil pensejajaran runutannukleotida dari tujuh spesies anggota Notopteridae.
Rencana Kegiatan Penelitian
Kegiatan Bulan ke-1 2 3 4 5 6Ekstraksi dan isolasi DNA √
Optimasi PCR √DNA Sequencing √ √ √ √
Analisis DNA sequencing √ √ √ √Penyusunan Skripsi √ √ √
Seminar √
page 38 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
DAFTARPUSTAKA
Inoue JG,KumazawaY,MiyaM,NishidaM.2009.Thehistoric
page 39 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
albiogeography ofthefreshwaterknifefishesusingmitogenomicapproaches:AMesozoicorigin oftheAsiannotopterids(Actinopterygii:Osteoglossomorpha).Molecular
page 40 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
PhylogeneticsandEvolution 51(2009)486–499.
Kumar S,Dudley J,NeiM &TamuraK(2008)MEGA: Abiologist-centricsoftware forevolutionaryanalysisofDNAandprotein
page 41 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
sequences.BriefingsinBioinformatics 9:299-306.
MadangK .1999.MorfologiHabitatdanKeragamanGenetikKerabatIkanBelidaDiPerairanSumateraSelatan.Disertasi
page 42 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
.ProgramPascaSarjanaInstitutPertanianBogor.
Ratnayani K,WirajanaIN,LaksmiwatAAIAM.2007.AnalisisVariasiDaerahD-LoopDNAMitokondriapadaSatuIndi
page 43 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
vidu SukuBaliNormal.JurnalKimia 1(1),Januari2007 :7-14.
SarkarUK,NegiRS,DeepakPK,LakraWS,PaulSK.2008.Biologicalparametersoftheend
page 44 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
angeredfish Chitalachitala (Osteoglossiformes:Notopteridae)fromsomeIndianrivers. FisheriesResearch 90(2008)170–177.AjengSitiFatimah, AchmadFarajallahdan Arif
page 45 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Wibowo.2009. KarakterisasiGenomMitokondriaGen12SrRNA-COIIIpadaIkanBelidaBatikAnggotaFamili Notopteridae. KolokiumdisampaikanTanggal17Desember
page 46 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
2009.DepartemenBiologiFMIPAIPB.
PENDAHULUAN
LatarBelakang
IkanbelidatergolongdalamFamiliNotopteridae,genus Chitala
page 47 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
dengandaerahpersebaranmeliputiIndia,Pakistan,Bangladesh,Srilanka,Nepal,ThailanddanIndonesia(Jawa,SumateradanKalimantan).
Ikanbelidamemilikinilai
page 48 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ekonomiyangtinggikarenadagingnyayangenakdanpolasisiknyayanguniksehinggadimanfaatkanuntukkonsumsiataupunikanhias,bahkandiSumatera
page 49 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Selatandigunakansebagaimaskotdanpembuatanmakanankhaslokal(Madang1999).SecaraumumpopulasiChitalasp.diseluruhduniaterusmenurunkhususnyadiSum
page 50 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
atraSelatanpenurunanpopulasiterutamadiakibatkankerusakanhabitatdanpenangkapanlangsungdarialam.Olehkarenaitu, ConservationAssessmentandManagement
page 51 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Plan(CAMP)mengkategorikanChitalasp.sebagaispesieslangka(Sarkar etal.2008).Pemerintahjugamengeluarkan SKMentanNo.716/Kpts/UM/10/1980danPP7/1999yangmenyata
page 52 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
kanbahwasemuajenisikandarigenus Notopterusmerupakanikanyangdilindungi.Salahsatuupayauntukmelestarikanikanbelidaialahdenganmengumpulkaninformas
page 53 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
isebanyak-banyaknyabaikinformasimorfologimaupungenetik.Informasigenetikantaralaindidapatkandenganmelakukankarakterisasigenommitokondriasebagaidasar
page 54 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
aplikasilanjutanyangterkaitdenganpopulasibelida.
Genommitokondriahewanmerupakangenomsitoplasmikyangdiwariskansecaramaternal,dantidakmen
page 55 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
galamirekombinasi.Denganbegitu,keragamanyangditemukanpadagenommitokondriadisebabkanolehkejadianmutasi.Genommitokondriaterdiri atas 2 genpenyandi
page 56 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
rRNA,22 tRNA,dan13proteinyangterlibatdalamrangkaianrantai respirasiselular,dansaturuasyangberfungsisebagaipengontroltranskripsiyangdikenalsebagai
page 57 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
dloop.Padasaatini,genommitokondriasangatpopulerdijadikansebagaipenandamolekularuntukmempelajariberbagaifenomenapopulasihewan,baikanalisisintraspes
page 58 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
iesmaupuninterspesies.
Tujuan
Penelitianinibertujuanuntukmengkarakterisasirunutannukleotidagenommitokondriagen12SrRNA-COIIIpadaikan
page 59 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
belidabatikanggotaFamiliNotopteridae.
WaktudanTempat
PenelitianakandilaksanakanpadabulanFebruari-Agustus2010 diLaboratoriu
page 60 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
mZoologiDepartemenBiologi,FMIPA,IPB.
BAHANDANMETODE
AlatdanBahan
Alat-alatyangakandigunakanialah Thermoc
page 61 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
yclerTaKaRaMP4, GenomicDNAminikitforfreshblood(Geneaid),PCRkit,danbeberapalabware.
Metode
EkstraksidanIsolasiDNA. Isolasi
page 62 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
DNAakandilakukanmenggunakan GenomicDNAminikitforblood(Geneaid) yangdimodifikasi.Sel-seldarahikanbelidayangdisimpandalamalkohol70%dicuci
page 63 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
denganairdestilataduakalikemudiandisuspensukandalambuferSTE(NaCl1M,Tris-HCL10mM,EDTA0.1mM,pH8)hinggavolume350µl.Selseldarahdilisisdengan
page 64 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
SDS1%danproteinase K0.125mg/mlpadasuhu 55oCselama1jamsambildikocokpelan.MetodeekstraksiDNAselanjutnyamengikutipetunjukGenomicDNAminikitfor
page 65 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
freshblood(Geneaid).
AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA. AmplifikasigenommitokondriaakanmenggunakanprimeryangdidesainmenggunakanPrim
page 66 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
er 3(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/).Primer akandilekatkankebagianyangpaling conserveddarihasilpensejajarangenommitokondriadari7spesiesanggotaNotopte
page 67 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ridaeyangadadiGeneBank(www.ncbi.nlm.nih.gov)(Tabel),padaruasantaragen12SrRNAsampaikeCOIIIdenganopsi:productsize:7000-9000,primersize:min20 –opt
page 68 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
24 –max27,Tm:min56 –opt60 –max63,GCcontent:min33%–opt48%–max55%.ReaksiPCRakandilakukandenganvolume25µlyangkomposisipereaksidankondisin
page 69 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
yaakandioptimasikan.KomposisiperteaksiyangakandioptimasikanadalahkonsentrasiMgCl2dandNTP,sedangkankondisiPCRyangakandioptimasikanadal
page 70 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
ahsuhuannealing. ProdukPCRakandiujimenggunakanPAGE6%dalambufer 1xTBE (10MmTris-HCL,1 Masamborat,danEDTA0.1Mm)yangdijalankanpadakon
page 71 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
disi180Mvselama40menit.SelanjutnyaDNAakandiwarnaidenganpewarnaansensitifperak.
TabelTujuhspesiesanggotaNotopteridae diGenBank
No. No.Akses
Spesies No. No.Akses
Spesies
page 72 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
page 73 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
1
page 74 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
AP008921
page 75 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Chitala blanci
page 76 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
5
page 77 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
AP008925
page 78 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Notopterusnotopterus
page 79 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
2
page 80 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
AP008922
page 81 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Chitala lopis
page 82 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
6
page 83 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
AP008926
page 84 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Papyrocranuscongoensis
page 85 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
3
page 86 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
AP008923
page 87 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Chitala ornata
page 88 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
7
page 89 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
AP008927
page 90 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Xenomystus nigri
page 91 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
4
page 92 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
AP008924
page 93 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Notopterusnotopterus
page 94 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Perunutan Produk PCR. Produk PCR berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai desainprimer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. Tahap pertama PCR for sequencingakan menggunakan primer yang sama dengan sewaktu amplifikasi awal. Runutan DNA yang diperoleh,kemudian dijadikan input untuk mendesain primer berikutnya (primer walking).
Analisis DNA Sequencing. Analisis runutan DNA akan dilakukan menggunakan MEGA 4 (MolecularEvolutionary Genetics Analysis) (Kumar et al. 2008) dan dibandingkan dengan hasil pensejajaran runutannukleotida dari tujuh spesies anggota Notopteridae.
Rencana Kegiatan Penelitian
Kegiatan Bulan ke-1 2 3 4 5 6Ekstraksi dan isolasi DNA √
Optimasi PCR √DNA Sequencing √ √ √ √
Analisis DNA sequencing √ √ √ √Penyusunan Skripsi √ √ √
Seminar √
page 95 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
DAFTARPUSTAKA
Inoue JG,KumazawaY,MiyaM,NishidaM.2009.Thehistoricalbiogeography ofthefreshwaterknifefishesusing
page 96 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
mitogenomicapproaches:AMesozoicorigin oftheAsiannotopterids(Actinopterygii:Osteoglossomorpha).MolecularPhylogeneticsandEvolution 51(2009)486–499.
page 97 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Kumar S,Dudley J,NeiM &TamuraK(2008)MEGA: Abiologist-centricsoftware forevolutionaryanalysisofDNAandproteinsequences.BriefingsinBioinformatics 9:299-306.
Mad
page 98 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
angK .1999.MorfologiHabitatdanKeragamanGenetikKerabatIkanBelidaDiPerairanSumateraSelatan.Disertasi.ProgramPascaSarjanaInstitutPertanianBogor.
page 99 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
Ratnayani K,WirajanaIN,LaksmiwatAAIAM.2007.AnalisisVariasiDaerahD-LoopDNAMitokondriapadaSatuIndividu SukuBaliNormal.JurnalKimia 1(1),Januari2007 :
page 100 / 102
Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/
7-14.
SarkarUK,NegiRS,DeepakPK,LakraWS,PaulSK.2008.Biologicalparametersoftheendangeredfish Chitalachitala (Osteoglossiformes:Notopteridae)from
page 101 / 102