Sultan Alauddin Riayat Shah II meneruskan warisan kesultanan Melayu Melaka di Johor setelah kejatuhan Melaka di tangan Portugis pada tahun 1511. Kerajaan Johor ini sentiasa mencuba untuk menguasai semula Melaka dari tangan Portugis. Johor sering diancam oleh kuasa luar seperti Portugis, Acheh dan Jambi. Oleh itu, pusat pentadbiran kerajaan Johor sentiasa berubah-ubah di sepanjang Sungai Johor dan Kepulauan Riau-Lingga sebagai muslihat bagi mengelirukan musuh.Pertengahan abad ke-16 sehingga tahun 1641 memperlihatkan persaingan tiga kuasa iaitu antara Portugis, Johor dan Acheh yang membawa kepada perang tiga segi. Persaingan ini memperlihatkan usaha masing-masing untuk menguasai jalan perdagangan di Selat Melaka serta memelihara kepentingan masing-masing. Ketiga-tiga kuasa ini telah berperang sebanyak sembilan kali sama ada di Sungai Johor, Melaka ataupun di Acheh. Peperangan ini berlangsung sepanjang tahun 1512 sehingga 1587. Dalam peperangan tersebut, Johor telah menyerang Portugis di Melaka untuk merampas semula Melaka dan sekaligus mengusir Portugis dari Melaka. Acheh pula menyerang Portugis kerana Portugis menghalang perdagangan Acheh. Acheh turut menyerang Johor kerana kemajuan perdagangan Johor telah mengancam perdagangan Acheh. Manakala Portugis menyerang Johor kerana menyangka Johor dan Acheh berpakat menyerang Melaka. Di samping itu, Sultan Acheh, iaitu Sultan Iskandar Muda Mahkota Alam suka meluaskan empayar dan berhasrat untuk menguasai kerajaan-kerajaan Melayu di Semenanjung Tanah Melayu. Hal ini turut menyumbang kepada persaingan antara Johor, Portugis dan Acheh untuk mendapatkan Melaka yang strategik. Seterusnya, tindakan British yang mengenakan pelbagai sekatan dan mengenakan kadar cukai yang tinggi ke atas pedagang Islam menyebabkan Acheh menyerang Portugis. Pada tahun 1608, sultan Alauddin Riayat Shah telah mengadakan pakatan dengan Belanda untuk mengusir Portugis dari Melaka. Akhirnya, pada 14 Januari 1641, Portugis berjaya dikalahkan dan sekaligus menamatkan persengketaan antara Acheh, Portugis dan Johor.Kesimpulannya, faktor perdagangan merupakan faktor persaingan antara Johor, Portugis, dan Acheh. Kemasukan Belanda pula, membawa kepada kemakmuran Johor kerana selepas itu, barlah Johor dapat menyusun kembali kekuatan politik dan ekonominya.