Analisis Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas (HKSA) merupakan salah satu aplikasi dari kimia komputasi dan juga bagian yang dipelajari dalam bidang kimia medisinal. Dengan metoda analisis HKSA, senyawa yang akan disintesis dapat didesain terlebih dahulu berdasarkan hubungan antara sifat-sifat kimia serta fisik molekul dengan aktivitas biologisnya, dengan menggunakan hubungan tersebut, aktivitas teoritik suatu senyawa baru dapat diprediksi, dan dengan demikian focus riset dapat dipersempit, biaya dan waktu pun dapat dihemat. Saat ini telah dikenal tiga metoda analisis HKSA yakni metoda HKSA Free-Wilson, metoda Hansch danmetoda HKSA tiga dimensi (Davis, 2001)Metode analisis Free-Wilson merupakan prosedur alternatif dari analisis analisis Hansch (Free and Wilson, 1964). Metode analisis yang juga disebut teori kontribusi gugus atau metode de novo ini didasarkan pada asumsi bahwa sumbangan variasi substitusi gugus-gugus dalam struktur senyawa induk memberikan kontribusi secara linier terhadap aktivitas biologis. Namun, substituen-substituen yang menempati posisi berbeda pada senyawa induk tidak saling mempengaruhi. Model matematis yang dikemukakan dalam metode ini memperkirakan bahwa aktivitas biologis sama dengan sumbangan substituen ditambah aktivitas biologis senyawainduknya:log 1/C = a(i) x(i) + dimana log 1/C = logaritma aktivitas biologisa(i) = kontribusi gugus dari substituen ke (i)x(i) = keberadaan (x=1) atau ketiadaan ( x = 0 ) substituen tertentupada posisi ke - j = aktivitas biologis senyawa tak tersubstitusiDalam suatu seri senyawa termodifikasi pada lebih satu posisi, substituen tertentu yang terletak pada satu sisi tak mempengaruhi substituen pada posisi yang berbeda ( Free-Wilson, 1964 ).Kemudian model ini disederhanakan oleh Fujita dan Ban dengan menggunakan persamaan matematik yang dapat diselesaikan dengan matriks dan analisis multiregresi linier (Fujita and Ban, 1969). Pada matriks, substituen mendapat nilai indikator 1 jika terdapat dalam molekul, dan mendapat nilai indikator 0 jika tidak terdapat dalam molekul. Substituen sebagai parameter bebas, dan aktivitas biologis sebagai variabel tak bebas.Keuntungan penggunaan model Free-Wilson dibanding model Hansch dalam studi HKSA antara lain adalah pengerjaannya yang cepat, sederhana dan murah; tidak memerlukan informasi tentang tetapan substituen seperti , dan Es; lebih efektif terutama jika uji biologis lebih lambat dibanding sintesis senyawa turunan, dan jika tidak terdapat tetapan substituen (Seydel,1990). Kelemahan dari metoda ini adalah tak dapat digunakan untuk memperkirakan aktivitas yang di luar substituen yang digunakan dalam seperangkat data dengan cara ekstrapolasi persamaan regresi (Seydel,1990).

Seydel, J.K.,1990, Summary Lecture Course QSAR, Mid Career Training inPharmacochemistry, Fakultas Farmasi UGM, YogyakartaDavis, A.M., 2001, Medicinal Chemistry: Principles and Practice, 5th edition, theRoyal Chemical Society,UK,