Genmol Tanaman

download Genmol Tanaman

of 16

Transcript of Genmol Tanaman

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    1/16

    LAPORAN GENETIKA MOLEKULER 

    IDENTIFIKASI TANAMAN MENGGUNAKAN MATK 

    Oleh :

    Hanni Tsaaqifah

    BTK/ P0!!00"!

    PROGRAM STUDI BIOTEKNOLOGI

    SEKOLAH PAS#ASAR$ANA

    INSTITUT PERTANIAN BOGOR 

    %0!

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    2/16

    PENDAHULUAN

    !& La'a( )ela*an+

    Metode identifikasi spesies makhluk hidup telah berkembang dari identifikasi

    morfologi sampai pada identifikasi molekuler berdasarkan potongan DNA pendek 

    yang disebut “barcode DNA” (Hebert et al . 200!.  Barcode DNA memiliki

    fungsi"fungsi aplikatif misalnya untuk sur#ei ekologi (Di$k dan %ress 200&!'

    identifikasi takson"takson kriptik (ahaye et al . 200)!' dan konfirmasi sampel"

    sampel tanaman obat (*ue dan i 20++!.

    %eragaman tingkat genetik merupakan tingkat keragaman yang paling rendah

    dalam organisasi biologi. %eragaman genetik sangat penting bagi tanaman untuk 

     beradaptasi terhadap perubahan lingkungan yang ter,adi disekitarnya. -nformasi

    keragaman genetik tanaman pada tingkat' indi#idu' spesies maupun populasi perlu

    diketahui' sebagai dasar pertimbangan dalam menyusun strategi konser#asi'

     pemuliaan' pengelolaan dan pemanfaatan sumberdaya genetik tanaman se$ara

     berkelan,utan. enilaian keragaman genetik tanaman dapat dilakukan dengan

    menggunakan penanda morfologi' biokimia dan molekuler DNA (/ulfahmi'

    20+!.

    enilaian keragaman genetik tanaman se$ara morfologi dilakukan melalui u,i

     progeni' u,i pro#enan dan pengu,ian lainnya dengan mengamati penampilan

    fenotipik tanaman. engu,ian ini dilakukan pada lingkungan yang berbeda dengan

    fokus utama adalah $iri kualitatif dan kuantitatif yang bernilai ekonomi serta $iri

    yang se$ara biologi penting seperti kemampuan hidup ( survive!' sifat toleran

    terhadap stres lingkungan' sifat produksi dan resistensi terhadap hama dan

     penyakit. ebagian diantara $iri1$iri tersebut bersifat poligenik dan ekspresinyadipengaruhi oleh lingkungan. tudi se$ara tradisional dengan metode genetika

    kuantitatif' penilaian keragaman dan distribusi keragaman dikelompokkan ke

    dalam beberapa kelas pengaruh' seperti pengaruh fenotifik' genotipe' lingkungan

    dan interaksi antara lingkungan dan genotipe. enentuan keragaman genetik 

    tanaman se$ara kon#ensional ini membutuhkan aktu yang lama' relatif mahal'

    dipengaruhi oleh lingkungan dan keragaman yang diperoleh terbatas dan tidak 

    konsisten.

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    3/16

    %ema,uan teknologi telah melahirkan pendekatan se$ara molekuler' yang

    memungkinkan untuk melakukan isolasi DNA atau 3NA langsung dari sampel

    yang diperoleh langsung dari lingkungan' sehingga dapat diperoleh gambaran

    menyeluruh untuk suatu komunitas. The Consortium for the Barcode of Life

    (456 lant 7orking 8roup' 200&! merekomendasikan penggunaan dua gen

     plastida yaitu ribulosa-1,5-bifosfat karboksilase (rbc! dan gen maturase % 

    (mat %! sebagai barcode standar untuk DNA tumbuhan (Hollingsorth et al.

    200&!.

    Mengingat pentingnya mengetahui identifikasi tanaman nanas se$ara

    molekuler' sehingga pada a$ara praktikum ini digunakan primer mat%9 dan

    mat%3 yang bertu,uan untuk mengetahui keragaman tanaman nanas yang

    digunakan sebagai sampel dalam praktikum ini.

    %& T,-,an P(a*'i*,.

    raktikum ini bertu,uan untuk mengetahui dan mempela,ari teknik isolasi

    DNA genom dan identifikasi tanaman nanas se$ara molekuler menggunakan

    mat%.

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    4/16

    METODOLOGI

    !& a*', an Te.1a'

    raktikum a$ara isolasi dna genom tanaman nanas dilakukan pada tanggal 2&

    eptember 20+:' sedangkan identifikasi tanaman nanas dilakukan pada tanggal +0

    6ktober 20+:. eluruh kegiatan dilakukan di aboratorium 5iorin usat Antar 

    ;ni#ersitas -5.

    %& Ala' an Bahan

    Alat yang digunakan pada praktikum ini yaitu collection tube (tabung

    eppendorf!' tabung 43' mikropipet (ukuran 2' 20' 200 dan +000! dan tip'

    mortar dan pestle' erlenmeyer' setrifuge' inkubator' pengering #akum' #orte

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    5/16

    tabung baru dan ditambahi Na6A$ (2M@ pH :'2! sebanyak + kali #olume

    dan t6H absolut sebanyak 2" kali #olume. 4ampuran larutan di

    diinkubasi selama semalam pada suhu "20   ℃ . =ahap selan,utnya' tabung

    disentrifugasi dengan ke$epatan +0.000 rpm selama 2: menit pada suhu ?

    ℃ . upernatan yang terbentuk dibuang' selan,utnya pellet ditambah

    dengan :00  μl  t6H B0C. =abung disentrifugasi pada ke$epatan +0.000

    rpm pada suhu ?   ℃  selama +0 menit. upernatan dibuang dan tabung

    yang berisi pelet dikeringkan dengan #akum. ellet yang berada pada

    tabung ditambahi dengan 20  μl  ddH26 dan 3nase sebanyak   μl  dan

    dihomogenkan dengan  spin down. =abung diinkubasi pada suhu B   ℃

    selama +0 menit.

    2& %&  De'e*si DNA .en++,na*an Gel A+a(3sa

    Ada tidaknya DNA genom tanaman nanas diketahui dengan

    elektroforesis' yaitu men,alankan DNA genom hasil isolasi pada gel

    agarose +C. ebanyak :Fl DNA genom ditambahi +Fl loading dye sampai

    ter$ampur. 4ampuran dimasukkan ke dalam sumur agarosa +C (0' gram

    agarose dalam 0 ml buffer =A (Tris #cetic $%T#! +*. DNA lambda

    digunakan sebagai marker.

    lektroforesis dilakukan selama 0 menit pada +00 Eolt dengan buffer 

    =A +* sebagai runnin buffer . 8el direndam dalam larutan  $thidium

     Bromida (t5r!. 8el dapat di#isualisasi dengan meletakkan gel diatas ;E

    transiluminator untuk melihat ada tidaknya pita DNA genom. Agarose

    diambil dari alat elektroforesis kemudian direndam dalam larutan tidhium

    5romida. elan,utnya pergerakan DNA diamati di baah sinar ;E.2& 2& K,an'ifi*asi DNA en+an S1e*'(3f3'3.e'e(

    =ahap ini dilakukan untuk mengetahui konsentrasi dan kemurnian DNA

    dengan menggunakan spektrofotometer. uspensi DNA dien$erkan dengan

    mengambil : Fl dalam &: Fl ddH26. uspensi DNA yang telah dien$erkan

    diba$a absorbansinya pada   20 nm dan   2)0 nm. Nilai absorbansi pada

     pan,ang gelombang 20 nm dikon#ersikan ke dalam konsentrasi' yaitu +

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    6/16

    µgml

    6D20 G :0 ug DNA utas ganda tiap ml. %onsentrasi DNA dihitung dengan

     persamaan'

    %onsentrasi DNA G

    edangkan untuk mengetahui kualitas DNA berhubungan dengan

    kemurnian DNA terhadap kontaminan protein dapat dilihat dari

     perbandingan nilai absorbansi 20 nm terhadap nilai absorbansi 2)0 nm.

    DNA dikatakan murni apabila nilai perbandingan berada pada rentang +')"

    2'0.

    2& 5& A.1lifi*asi DNA Gen3. Tana.an Nanas

    Amplifikasi dilakukan dengan menggunakan teknik 43. =eknik ini

    merupakan suatu reaksi in vitro untuk menggandakan ,umlah molekul DNA

    target tertentu dengan $ara mensintesis molekul DNA baru yang

     berkomplemen dengan molekul DNA target tersebut dengan bantuan enim

    dan oligonukleotida sebagai primer dalam suatu thermocycler   (Muladno'

    2002!. etiap siklus dari teknik 43 terdiri dari tahap yaitu tahap

    denaturasi' pelekatan (annealin ! dan peman,angan (elonation! (%oolman

    dan 3oehm' 200?!.

    ada reaksi amplifikasi digunakan mat%9Imat%3 dari mat% (pada

    masing" masing sampel!. Analisis 43 dilakukan dengan total +< reaksi

    sebanyak +0 Fl (=abel +!. 4ampuran dihomogenkan kemudian dimasukkan

    ke dalam mesin thermocycler .

    =abel +. %omposisi 43 mi& untuk amplifikasi

    %omposisi 43 + < +

    a. re denaturasi G &?04@ : menit

    9 < :0 FgIml < Abs.   20

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    7/16

     b. Denaturasi G &?04@ + menit

    $. Annealing G :004@ 0 detik 

    d.

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    8/16

    DNA genom pada bakteri dan $endaan. ada pelisisan sel tanaman nanas'

    ditambah dengan larutan  β "mer$apto etanol.penambahan senyaa pereduksi

    ini pada sel tanaman berfungsi untuk men$egah ter,adinya proses oksidasi

    senyaa fenolik sehingga menghambat akti#itas radikal bebas yang dihasilkan

    oleh oksidasi fenol terhadap asam nukleat. elain itu proses lisis ,uga dibantu

    dengan menginkubasi sampel pada suhu :o4 selama +: menit.

    8ambar +. elisisan sel nanas dengan metode 4=A5

    DNA yang telah terpisahkan dari membran selan,utnya dilakukan tahap

     presipitasi dengan penambahan bahan"bahan kimia seperti fenol kloroform

    isoamilalkohol' etanol' dan Na6A4. Metode presipitasi dengan kloroform

    isoamilalkohol (4>-' 2?>+! dilakukan untuk mendenaturasi protein dan melarutkan

    komponen lipid. enggunaan kloroform isoamil alkohol (4-! berdasarkan

     perbedaan sifat pelarut organik. %loroform tidak dapat ber$ampur dengan air dan

    kemampuannya untuk mendeproteinisasi berdasarkan kemampuan rantai

     polipeptida yang terdenaturasi untuk masuk atau termobilisasi ke dalam fase

    antara kloroform"air. %onsentrasi protein yang tinggi pada fase antara tersebut

    dapat menyebabkan protein mengalami presipitasi. edangkan lipid dan senyaa

    organik lain akan terpisah pada lapisan kloroform. 9ungsi lain dari penambahan4- ini adalah untuk menghilangkan kompleks 4=A5 dan meninggalkan DNA

     pada fase aKuoeus. DNA kemudian diikat dari fase aKuoeus dengan presipitasi

    etanol (ury$ki' 2000!.

    resipitasi tahap kedua dilakukan dengan menggunakan larutan fenol"

    kloroform"isoamil alkohol (>4>-' 2:>2?>+!. 4ampuran pelarut akan

    mendenaturasi protein dan melarutkan komponen lipid. enambahan 4- setelah

    disentrifugasi membentuk fase (gambar 2! yaitu fase aKuoeus (lapisan paling

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    9/16

    atas tempat DNA berada!' fase protein (protein terkoagulasi di fase tengah!' dan

    fase kloroform (paling baah karena sifat kloroform yang berat ,enisnya besar!.

    8ambar 2. resipitasi DNA genom tanaman nanas dengan 4-

    =ahap presipitasi selan,utnya adalah dengan penambahan Na6A$ (2M pH

    :'2!. arutan Na6A$ berfungsi menetralkan suasana basa yang di$iptakan oleh

    ion hidroksida pada tahap lisis sebelumnya. -katan"ikatan hidrogen antar basa utas

    tunggal DNA terbentuk kembali. Muatan NaL akan berinteraksi dengan DNA yang

     bermuatan negatif. -nteraksi tersebut menyebabkan DNA bersifat hidrofob.

    enambahan t6H absolut ,uga dilakukan pada praktikum ini. t6H absolut

    digunakan sebagai agen presipitasi lan,utan yang akan memudahkan garam

     berinteraksi dengan DNA' sehingga DNA akan mengendap (gambar !.

    =ahap pen$u$ian pellet DNA dengan etanol B0C. en$u$ian dilakukan untuk 

    menghilangkan kelebihan garam. elan,utnya pellet dikeringkan dan setelah itu

    dilakukan pemurnia DNA dari 3NA dengan penambahkan 3NAase sehingga akan

    didapatkan DNA genom yang murni. =ahap resuspensi dilakukan dengan

    menambahkan ddH26 yang berfungsi untuk men,aga stabilitas dan lama

     penyimpanan DNA.

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    10/16

    8ambar . =ahap presipitasi dengan t6H absolut

    %& Analisis Ke.,(nian DNA an K,an'ifi*asi DNA en+an S1e*'(3f3'3.e'e( 

    DNA tanaman nanas yang telah diisolasi' kemudian di $ek kuantitasnya

    dengan metode spektrofotometri untuk mengetahui kemurnian dan

    konsentrasinya. rinsip metode spektrofotometri adalah menghitung nilai

    absorbansi pada A20 dan A2)0. %emurnian DNA didapat dari perbandingan antara

    nilai absorbansi A20I A2)0' dan konsentrasi DNA didapatkan dengan mengalikan

    nilai absorbansi A20  dengan faktor pengen$eran serta mengon#ersikannya

    kedalam nanogram (ng! dengan mengalikan nilai 6D A20 yaitu :0 ng.

    =abel 2. Hasil kuantifikasi DNA genom tanaman nanas dengan metode

    spektrofotometri

    Sa.1le 6%70 6%80 Ke.,(nian K3nsen'(asi 9n+/l;

    + 0.+2B 0.0& +.: ))&

    2 0.+0+ 0.0B +.) B0B

    0.+:& 0.++0 +.??: +++

    ? 0.0&0 0.0B +.22 0

    : 0.+0) 0.0)+ +. B: 0.+?2 0.+++ +.2B& &&?

    B 0.+2B 0.0&+ +.&: ))&

    ) 0.+? 0.0&& +.?B? +022

    & 0.+2) 0.+0+ +.2B )&

    +0 0.0:2 0.0? +.20& ?

    5erdasarkan data dari tabel 2' semua hasil perhitungan kemurnian DNA

    menun,ukkan nilai yang rendah karena berada dibaah +'). Menurut 9at$hiyah

    (20++!' DNA dapat dikatakan murni apabila rasio absorbansi DNA yang diukur 

     pada (A20IA2)0! menun,ukkan nilai +')" 2'0. %etidakmurnian hasil isolasi

    dikarenakan terdapat kontaminasi khususnya protein (nilai kemurnian DNA

    +')!. Adanya kontaminan protein hasil isolasi DNA praktikum ini dimungkinkan

    karena saat pengambilan supernatan hasil purifikasi dengan 4-' protein yang

    mengendap ikut terbaa. Hal lainnya dimungkinkan pada praktikum ini tidak 

    dilakukan penambahan enim proteinase % (enim pendenaturasi protein!.

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    11/16

    Hasil perhitungan konsentrasi DNA paling tinggi terdapat pada sampel

    (+++ ngIFl! sedangkan konsentrasi terendah terdapat pada sampel +0 (? ngIFl!.

    %onsentrasi DNA yang pada hasil isolasi $ukup besar sehingga pengen$eran harus

    dilakukan sebelum amplifikasi pada mesin 43. ada praktikum ini digunakan

     pengen$eran sebanyak +00 ngI   μ l&  %onsentrasi DNA perlu diketahui untuk 

    mendapatkan konsentrasi yang tepat untuk amplifikasi 43.

    2& Analisis DNA en+an Ele*'(3f3(esis Gel A+a(3sa

    Analisis ini bertu,uan mengetahui kualitas dan menge$ek ada tidaknya DNA

    dalam gel. 8ambar ? menun,ukkan hasil migrasi DNA pada gel agarosa dimana

    terlihat pita DNA menandakan keberadaan genom.

    8ambar ?. lektroforegram DNA genom nanas hasil isolasi

    ita tunggal DNAterlihat pada sampel 2' ?' :' ' B' )' dan &. ada sampel +' '

    dan +0 tdak terlihat adanya band DNA. ada sebagian pita migrasinya belum

    seutuhnya bersih dari  smear yang mungkin dikarenakan kualitas DNA kurang

     baik karena mengalami kepatahan. 'mear   terbentuk akibat degradasi DNA

    men,adi polinukleotida"polinukleotida yang pendek. Hal ini disebabkan perlakuan

    DNA selama isolasi' yaitu sentrifugasi' perlakuan suhu' atau perlakuan dengan

    larutan"larutan yang digunakan.

    edangkan tidak adanya band DNA yang terdeteksi ,uga dimungkinkan

    karena banyak faktor' antara lain ketidakmurnian hasil isolasi DNA genom yang

    masih mengandung kontaminan atau pengotor lain (menga$u pada tabel 2

    rendahnya kemurnian dari hasil isolasi DNA genom!@ konsentrasi DNA yang

    dimasukkan ke dalam sumuran terlalu sedikit sehingga pita band DNA tidak 

    terdeteksi. Adanya pengotor berupa protein (kemurnian +') ! pada praktikum ini

    dapat disebabkan karena saat pengambilan supernatan hasil purifikasi dengan

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    12/16

    4-' protein yang mengendap ikut terbaa. Hal lainnya dimungkinkan pada

     praktikum ini tidak dilakukan penambahan enim proteinase % (enim

     pendenaturasi protein!.

    Adanya pita marker lambda yang terlihat ,elas menandakan proses

    elektroforesis ber,alan dengan benar. ehingga faktor ini bukan pemi$u

    ketidakmun$ulannya pita DNA hasil isolasi.

    5& Ien'ifi*asi Tana.an Nanas )e(asa(*an .a'K 

    -dentifikasi spesies tumbuhan aalnya menggunakan metode morfologi yang

    diidentifikasi dari bentuk fisiknya (bunga' daun' batang' $abang dan bi,i!. Namun'

    dengan adanya perkembangan teknologi elektronika dan genetika saat ini telah

    dikembangkan suatu metode terbaru dalam identifikasi spesies tumbuhan danhean' yaitu teknologi DNA bar$oding yang menggunakan potongan DNA

     pendek standar (bar$ode DNA! (%alangi' 20+?!.

    ;ntuk identifikasi tanaman dalam teknologi DNA bar$oding' disepakati

    menggunakan gen pengkode standar yaitu gen ribulosa"+':"bifosfat karboksilase

    (rb$! dan gen maturase% (mat%! yang terdapat pada kloroplas (456 lant

    7orking 8roup' 200&!. 8en mat% lebih banyak digunakan dalam berbagai

     penelitian dibandingkan gen rb$' karena tingkat keakuratannya yang lebihspesifik pada yaitu pada tingkat spesies. 8en mat% di,adikan gen pengkode

    standar untuk bar$ode DNA se,ak tahun 200 dan telah diu,i melalui beberapa

     penelitian. 8en maturase% (mat%! diidentifikasi pertama kali oleh ugita et al.

    (+&):! dari tanaman tembakau (Ni$otiana taba$um!. 8en mat% merupakan gen

     pengkode enim maturase bagian sub"unit % yang terdapat dalam kloroplas pada

    tanaman. Daerah urutan nukleotida gen mat% ini dapat menghasilkan kira"kira

    +:00 pb (pasang basa! (%alangi' 20+:!.

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    13/16

    8ambar :. 8en mat% diambil dari DNA kloroplast

    & P#R DNA Tana.an Nanas en+an P(i.e( .a'K2 F an .a'K2 R 

    -solat DNA tanaman nanas diamplifikasi pada mesin 43 menggunakan

     primer mat% 9 dan mat%3. rimer mat% 9 memiliki urutan basa :"AA8

    A=8 44= 4== 44= =84 A=" dan primer mat% 3 memiliki urutan basa :"

    8A= 448 8=4 =8A =AA =8A 8A". etelah dilakukan 43 dan di $ek 

    kualitasnya melalui elektroforesis dapat dilihat pada gambar dibaah ini. ada

     praktikum ini menggunakan konsentrasi DNA sebesar +00 ngI   μ l

    8ambar . lektroforegram amplikon DNA genom nanas berdasarkan penanda

    mat%@ (arker + kb DNA ladder .

    Hasil elektroforegram menun,ukkan daerah mat% tanaman nanas pada &

    sampel membentuk pita DNA yang tebal. =ebal dan tipisnya pita menun,ukkan

    kuantitas dari DNA template yang teramplifikasi. lektroferogram amplikon DNA

    genom tanaman nanas pada praktikum ini terlihat ,elas dan tebal mengindikasikan

     baha konsentrasi molekul yang terseparasi pada ilayah ini tinggi. ada

    sumuran nomor +0 didapat pita yang samar. ita DNA yang samar atau tipis pada

    gambar diatas bisa ter,adi karena konsentrasi DNA yang teramplifikasi nilainya

    rendah.

    Hasil #isualisasi (gambar ! ,uga membentuk pita tipis yang berada

    dibaah pita tebal. ita tipis ini terbentuk karena DNA hasil amplifikasi

    mengalami fragmentasi. 9ragmentasi dapat ter,adi selama proses ekstrasi' salah

    satunya pada aktu proses homogenisasi menggunakan #orte< (Mulyani' 20++!.

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    14/16

    roses homogenisasi menggunakan #orte< dapat

    membantu proses pelisisan' namun dapat

    menyebabkan DNA terpotong"potong sehingga

    menyebabkan terbentuknya beberapa pita DNA

    ketika dielektroforesis. %emungkinan lain adalah

    suhu annealing ketika 43 kurang spesifik.

    ada praktikum ini tidak ter,adi masalah dengan

    elektroforesis karena DNA marker menun,ukan

    adanya pita DNA dan tidak  smear . ehingga

    anggapan penggunaan tegangan yang terlalu besar 

    (penyebab smear ! tidak ter,adi pada praktikum ini.

    Dengan mengukur ,arak migrasi pita"pita sumur 

    marker maka diperoleh persamaan yang akan

    digunakan untuk menentukan ukuran basa dari DNA

    tanan nanas yang telah diamplifikasi. Hasil

     perhitungan se$ara manual menggunakan alat ukur 

     penggaris' maka diperoleh data sebagai berikut>

    =abel ?. Oarak migrasi marker + kb ladder 

     bp og bp Oarak

    ($m!100

    00 4 3,4800

    0

    3,9030

    9 3,7600

    0

    3,7781

    51 4500

    0

    3,6989

    7 4,35400

    0

    3,6020

    6 4,7350

    0

    3,5440

    68 5

    3000

    3,477121 5,25

    250

    0

    3,3979

    4 5,7200

    0

    3,3010

    3 6,2150

    0

    3,1760

    91 6,9100

    0 3 7,8

    750

    2,8750

    61 8,5

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    15/16

    3 4 5 6 7 8 9 10 11

    0

    0.5

    1

    1.5

    2

    2.5

    3

    3.5

    4

    4.5

    f(x) = - 0.21x + 4.62

    R² = 0.99

     

    Linea ()

    Migrasi DNA tanaman nanas dari semua sampel ketika diukur dengan

     penggaris' ,araknya adalah )'? $m dari sumuran. ehingga' berdasarkan

     persamaan linier y G "0'20&< L ?'?2' diperoleh ukuran DNA genom bakteri

    sebesar B pasang basa atau berkisar B:0 pasang basa.

    KESIMPULAN

    8ambar B. 8rafik perbandingan,arak migrasi marker +

    kb ladder dengan log bp ukuran DNA bakteri dari

    marker + kb

  • 8/18/2019 Genmol Tanaman

    16/16

    -dentifikasi molekular pada tanaman nanas dapat dilakukan dengan

    amplifikasi gen mat%. Dari +0 sampel' ada & sampel yang dapat teramplifikasi

    namun terdapat fragmentasi DNA karena. Amplifikasi gen ini akan menghasilkan

    DNA dengan ukuran sekitar B:0 pasang basa.

    ada praktikum ini isolasi DNA genom tanaman nanas dilakukan dengan

    metode 4=A5. Hasil kuantifikasi DNA dengan spektrofotometer pada semua

    sampel menun,ukkan nilai kemurnian yang rendah (kurang dari +')!. ;ntuk 

    konsentrasi DNA se$ara umum relatif $ukup tinggi' sehingga dilakukan

     pengen$eran pada +00 ngI   μ l.

    Dari +0 sampel' terdapat B sampel yang membentuk pita DNA hasil isolasi

    DNA genom. edangkan identifikasi molekular tanaman nanas yang dilakukan

    dengan amplifikasi pada daerah mat%' pada & sampel mun$ul adanya pita DNA.

    ;kuran pita DNA yang dihasilkan oleh tanaman nanas menu,ukkan ukuran sekitar 

    B pasang basa atau sekitar B:0 pasang basa.

    DAFTAR PUSTAKA

    456 (4onsortium for the 5ar$ode of ife! lant 7orking 8roup. 200&. A DNA

    5ar$ode for and lant. ro$eeding of the National A$ademy of $ien$es.+0> +2B&?"+2B&B

    Hebert' . D. N.' N. A. 4yinska' . . 5all' and O. 3. de 7aard. 200. 5iologi$al

    -dentifi$ations =hrough DNA 5ar$odes. ro$eedings of the 3oyal o$iety 5>

    5iologi$al $ien$e. 2B0> +12+.

    %alangi' 4. 20+?. 5ar$ode DNA =anaman eilem berdasarkan 8en mat%. )urnal (!"#

    *+'#T ' (2!> +0)"++2.

    ahaye' 3.' M. E. D. 5ank' D. 5ogarin' O. 7arner ' 9. upulin' 8. 8igot' 6. Maurin' .

    Duthoit' =. 8. 5arra$lough and E. a#olainen. 200). DNA bar$oding the

    floras of biodi#ersity hotspots. "roc. +at. #cad. 'ci. +0:> 2&2"2&2).

    Mulyani' P. 20++. erbandingan 5eberapa Metode -solasi DNA untuk Deteksi Dini %oi.

    Herpes Eirus pada -kan Mas. )urnal #kuatika! ' ) (++!> +"+.

    ugita' M.' %. hinoaki' and M. ugiura. +&):. =oba$$o 4hloroplast t3NAys(;;;!

    8ene 4ontains a 2':"kilobase"pair -ntron. ro$eeding of the National

    A$ademy of $ien$es. )2> ::B":+.

    *ue' 4.P. and D./. i. 20++. ;se of DNA bar$ode  sensu lato to identify traditional

    =ibetan medi$inal plant entianopsis paludosa (entianaceae!. ). 'ys. $vol.

    ?&> 2B.