JURNAL FARMASI UDAYANA...dan review article pada semua aspek ilmu farmasi yang bersifat inovatif,...

INFORMASI UNTUK PENULIS JULI 2019 Vol 8 No 1

i

JURNAL FARMASI UDAYANA INFORMASI BAGI PENULIS

DAFTAR ISI

Deskripsi

Pembaca

Editor

Petunjuk Penulisan

DESKRIPSI

Jurnal Farmasi Udayana merupakan jurnal elektronik yang dikelola oleh PS

Farmasi FMIPA Udayana. Jurnal ini yang merupakan media publikasi penelitian

dan review article pada semua aspek ilmu farmasi yang bersifat inovatif, kreatif,

original dan didasarkan pada scientific. Artikel yang dimuat dalam jurnal ini

meliputi penemuan obat, sistem penghantaran obat serta pengembangan obat.

Jurnal ini memuat bidang khusus di farmasi seperti kimia medisinal, farmakologi,

farmakokinetika, farmakodinamika, analisis farmasi, sistem penghantaran obat,

teknologi farmasi, bioteknolofi farmasi, obat herbal dan komponen aktif tanaman

serta evaluasi klinik obat.

PEMBACA

Ilmuwan di bidang kimia medisinal, farmasetika dan biofarmasetika, farmakologi,

kimia analisis, farmakologi klinik, mikrobiologi, bioteknologi, kimia dan statistika

Pengarah : Drs. Ida Bagus Made Suaskara, M.Si

Penanggung jawab : Drs. I Made Satriya Wibawa, M.Si

Anak Agung Bawa Putra, S.Si., M.Si

Drs. I Wayan Santiyasa, M.Si

Dewa Ayu Swastini, S.Farm., M.Farm., Apt

Chief in Editor : Cokorda Istri Sri Arisanti, S.Farm., M.Si., Apt

Editor Board : Ni Kadek Warditiani, S.Farm., M.Sc., Apt

A A Gede Rai Yadnya Putra S.Farm., M.Si., Apt

Putu Sanna Yustiantara, S.Farm., M.Si., Apt

Made Ary Sarasmita, S.Farm., M.Farm.Klin., Apt

Reviewer Mitra Bestari : Prof. Dr. I Ketut Adnyana Apt (ITB)

Muhammad Aswad, PhD, Apt (UNHAS)

I G N Jemmy Anton P., S.Farm., M.Si., Apt (UNUD)

Ni Putu Eka Leliqia S.Farm., M.Si., Apt (UNUD)

Dr.rer.nat I Md Agus Gelgel W. M.Si., Apt (UNUD)

Ketut Widyani Astuti S.Farm., M.Biomed., Apt (UNUD)

EMAIL

[email protected]

mailto:[email protected]


ii

PETUNJUK PENULISAN

PENDAHULUAN

Naskah yang diajukan ke jurnal harus memenuhi persyaratan sebagai berikut: (1)

topik artikel akan melewati proses review terlebih dahulu oleh editor, dan (2)

artikel belum dipublikasikan atau akan dipublikasikan seluruhnya atau sebagian di

jurnal lain atau media publikasi yang lain.

Tipe artikel

Artikel hasil penelitian

Review article

Naskah review article harus memuat: judul, abstrak dan kata kunci (3-6 kata),

pendahuluan, pembahasan khusus oleh penulis, kesimpulan, ucapan terima kasih,

daftar pustaka, gambar dan tabel. Tiap pokok bahasan dari pendahuluan sampai

kesimpulan harus diberi nomor. Sub pokok bahasan juga harus dinomori dengan

1.1., 1.2., 1.3., dan seterusnya. Setiap halaman harus diberi nomor dan judul harus

diberi halaman 1.

FAKTOR YANG HARUS DIPERHATIKAN

Conflict of interest

Semua penulis wajib menghindari terjadinya Conflict of interest yang meliputi

pembiayaan atau hubungan dengan orang lain atau badan paling lama tiga tahun

sebelum pengajuan artikel ke jurnal yang dapat mempengaruhi secara langsung

maupun tidak langsung penelitian yang bersangkutan

Contoh hal yang potensial menyebabkan Conflict of interest antara lain pekerja,

konsultan, kepemilikan bahan, honor, pengajuan registrasi/paten, hibah atau

sumber dana yang lain.

Verifikasi Artikel

Artikel yang diajukan ke Jurnal Farmasi Udayana belum pernah dipublikasikan

sebelumnya (kecuali dalam bentuk abstrak atau sebagai bagian dari skripsi), tidak

dalam posisi akan diterbitkan pada jurnal lain, artikel telah mendapat persetujuan

semua penulis yang tercantum di dalam artikel yang bersangkutan dan secara

eksplisit telah mendapat persetujuan dari tempat dimana penulis melakukan

penelitian dan jika diterima, artikel tidak dipublikasikan di tempat lain dalam

bentuk yang sama dalam bahasa Indonesia atau bahasa lainnya untuk menghindari

plagiarisme

Konstribusi

Semua penulis harus berpartisipasi di dalam penelitian dan atau penyipan naskah,

sehingga fungsi dari masing-masing penulis harus didefinisikan.


iii

Kepemilikan artikel

Semua penulis harus memiliki peran penting pada setiap tahap pengajuan artikel

yang meliputi: (1) konsep dan desain penelitian, pengolahan data atau

menganalisis atau menginterpretasi data, (2) memperbaiki naskah, (3) menyetujui

draf akhir yang akan dipublikasikan

Perubahan penulis

Pada jurnal ini dimungkingkan untuk menambahkan, pengurangi, mengubah

urutan penulis untuk naskah yang diterima. Hal-hal yang perlu dilakukan antara

lain: membuat permintaan untuk dapat menambahkan, mengurangi atau

mengubah urutan penulis kepada pengelola jurnal yang diajukan oleh

corresponding author yang dicantumkan di dalam naskah yang diajukan dan

meliputi: (a) alasan mengapa nama penulis harus ditambahkan, dikurangi atau

diubah susunannya (b) konfirmasi tertulis (e-mail, fax, surat) dari semua penulis

yang menyatakan persetujuan dengan perubahan tersebut di atas

Bahasa

Penulisan menggunakan bahasa Indonesia sesuai ejaan yang disempurnakan.

PERSIAPAN

Penggunaan program miscrosoft word. File dibuat dalam format asli

menggunakan program miscrosoft word. Teks harus dibuat dalam format satu

kolom, huruf font Times new roman 11, 1 spasi, ditulis dalam kertas ukuran A4.

Struktur Artikel

Sub pokok bahasan-penomoran

Artikel dibagi menjadi pokok bahasan dengan penomoran yang jelas. Sub pokok

bahasan harus diberi nomor 1.1 (kemudian 1.1.1, 1.1.2,...), 1.2 dan seterusnya.

Abstrak tidak dimasukkan dalam sistem penomoran.

Pendahuluan

Nyatakan tujuan dan landasan penelitian, hindari tinjauan pustaka yang terperinci

atau kesimpulan dari hasil penelitian

Bahan dan metode

Ungkapkan bahan dan metode secara terperinci untuk kemungkinan keterulangan

penelitian. Metode yang umum digunakan cukup menunjukkan sumber pustaka,

hanya modifikasi yang relevan yang harus dideskripsikan

Hasil

Pengungkapan hasil harus jelas dan ringkas

Pembahasan

Bagian ini harus merupakan kajian mendalam dari hasil penelitian, jangan

mengulang pengungkapan hasil. Hindari kutipan dan pembahasan yang

berlebihan dari penelitian sebelumnya


iv

Kesimpulan

Kesimpulan utama dari penelitian sebaiknya ditampilkan dalam kalimat yang

singkat dan jelas, yang dapat menjadi bagian tersendiri di dalam pokok bahasan

kesimpulan atau menjadi bagian dari pembahasan atau hasil

Appendik

Jika apendik lebih dari satu maka harus dibuat sebagai A, B dan seterusnya.

Persamaan matematika harus diberi nomor terpisah: Pers. (A.1), Pers. (A.2) dan

seterusnya. Hal yang sama juga berlaku untuk tabel dan gambar: Tabel A.1;

Gambar. A.1

Informasi penting dalam struktur artikel

Judul

Ringkas, jelas dan informatif. Jika dimungkinkan hindari pencantuman persamaan

matematika dan singkatan

Nama penulis dan institusi

Ungkapkan institusi tempat bekerja (tempat dimana penelitian dilakukan) di

bawah nama penulis. Tunjukkan institusi penulis dengan supercript di belakang

nama penulis dan didepan nama institusi. Tuliskan alamat lengkap termasuk kode

pos dan nama kota, jika perlu disertakan alamat email masing-masing penulis

Alamat korespondensi

Tunjukkan dengan jelas siapa yang bertanggung jawab terhadap korespondensi

semua tahap dari pengajuan, revisi, publikasi maupun sampai pasca publikasi.

Cantumkan nomor telepon disamping alamat email, kode pos. Kontak terperinci

harus tetap diperbaharui oleh korespondensi penulis

Alamat penulis

Jika alamat penulis berbeda dibandingkan dengan tempat penelitian semula, maka

alamat terbaru atau tetap penulis sebagai catatan kaki dari nama penulis. Alamat

dimana penelitian semula dilakukan oleh penulis tetap digunakan sebagai alamat

utama. Penulisan catatan kaki untuk alamat terbaru maupun alamat tetap

menggunakan supercrip dengan penomoran Arabic

Abstrak

Dibutuhkan abstrak yang jelas, ringkas dan sesuai fakta penelitian. Abstrak harus

menunjukan tujuan penelitian secara tegas, hasil yang penting dan kesimpulan

umum. Untuk memenuhi persyaratan abstrak ini, disarankan untuk tidak

menyertakan tinjauan pustaka, tetapi jika sangat diperlukan wajib mengutip nama

penulis dan tahun. Disamping itu dihindari pencantuman singkatan yang tidak

umum tetapi jika sangat diperlukan maka harus dijelaskan pada awal abstrak itu

sendiri


v

Gambar

Gambar harus dibuat untuk menyimpulkan isi dari artikel secara jelas untuk dapat

menarik perhatian pembaca yang berasal dari berbagai bidang yang berhubungan

dengan farmasi. Gambar harus dibuat dalam bagian terpisah dari artikel. Ukuran

gambar: sediakan gambar dengan minimal setara 531x1328 pixel atau lebih, tetapi

dapat tetap terbaca pada layar 200x500 pixel (pada 91 dpi yang sama dengan 5

x13 cm). Program yang digunakan dapat berupa pdfatau MS Word

Kata kunci

Kata kunci maksimal 6 kata diletakkan langsung di bawah abstrak, hindari

penggunaan frase dan penghubung (dan, dari dan sebagainya)

Singkatan

Deskripsikan singkatan yang tidak umum sebagai catatan kaki pada halaman

pertama artikel. Singkatan yang menjadi keharusan untuk diungkapkan pada

abstrak diwajibkan didefinisikan pada bagian sebelum singkatan tersebut ditulis.

Penulisan singkatan harus konsisten pada seluruh artikel.

Ucapan terima kasih

Cantumkan ucapan terima kasih pada bagian terpisah di bagian akhir artikel

sebelum daftar pustaka, hindari penyertaan ucapan terima kasih pada judul,

sebagai catatan kaki judul atau bagian artikel lainnya. Buatlah rincian orang yang

berkontribusi di dalam penelitian (penerjemah, pengetik atau pembaca dan lain

sebagainya)

Unit

Gunakan satuan internasional (SI). Jika satuan diungkapkan dalam unit yang

berbeda, sebaikknya diungkapkan kesetaraan dengan SI

Tabel

Penomoran tabel diurut berdasarkan urutan munculnya di dalam artikel. Tabel

dibuat dengan tiga garis horisontal, hindari penggunaan garis vertikal dan data

yang diungkapkan di dalam tabel tidak diungkapkan berulang pada bagian lain

dari artikel

Daftar pustaka

Pastikan daftar pustaka tercantum di dalam artikel. Hasil yang belum

dipublikasikan dan personal communication tidak direkomendasikan dimasukkan

di dalam daftar pustaka. Pustaka yang ditandai dengan In Press menunjukan

bahwa artikel tersebut telah disetujui untuk dipublikasikan dan dapat digunakan

sebagai sumber pustaka. Penulisan pustaka mengikuti aturan penulisan pustakan

jurnal ini.

Aturan penulisan pustaka

Daftar pustaka harus diurut berdasarkan alfabetis dan kronologi. Jika terdapat

lebih dari satu sumber yang berasal dari penulis yang sama pada tahun yang sama,

maka harus ditambahkan a, b, c dan seterusnya di belakang tahun terbit.

Penulisan buku


vi

Penulis, A.A., Penulis, B.B., & Penulis, C.C. (tahun terbit). judul buku: sub judul.

(Edisi [jika bukan edisi pertama}). tempat terbit: penerbit

Contoh:

Buku dengan satu penulis

Nama penulis (tanpa singkatan). (tahun terbit). judul buku. Tempat terbit: penerbit

Reynords Hadi. (2000). Black pioners. Ringwood,Vic: Penguin

Buku dengan banyak penulis

Dua-enam penulis

Dua penulis: kedua penulis. (tahun terbit). judul buku. Tempat terbit: penerbit

Gilbert, R., & Gilbert, P. (1998). Maculinity goes to school. St. Leonards,

N.S.W.: Allen & Unwin

Lebih dari 6 penulis

Setelah nama dan singkatan nama penulis ke-enam gunakan dkk

Buku yang memiliki editor

Broinowski, A. (Ed.) (1990). ASEAN into 1990s. London: Macmillan

Nugent, S.L., Shore, C. (Eds.). (1997). Anthropologyband cultural study. London:

Pluto Press

Buku yang memiliki penulis dan editor

Valery, P. (1957). Oeuvres (J. Hytier, Ed). Paris: Gallimard

Bab yang terdapat di dalam buku

Penulis, singkatan nama penulis. (tahun terbit). judul bab:sub judul. editor. judul

buku. (hal. x-y). tempat terbit: penerbit

Artikel jurnal

Penulis, singkatan nama penulis. (tahun terbit). judul artikel. singkatan jurnal,

volume (issue), halaman

Skipsi/Tesis/Disertasi

Nama penulis, singkatan nama penulis. (tahun terbit). judul. skrispi/tesis/disertasi.

Universitas, kota

Sumber penulisan singkatan jurnal

Index Medicus journal abbreviations: http//www.nlm.nih.gov/tsd/serials/lji.html

List of titlle word abbreviations: http//www.issn.org/2-22661-LTWA-online.php

CAS (Chemical Abstract Service): http//www.cas.org/sent.html

Submission checklist

Daftar isian di bawah ini dapat digunakan untuk memudahkan pemeriksaan akhir

sebelum artikel dikaji oleh editor.

Satu orang penulis ditunjuk sebagai corresponding author:

alamat email

kode pos

nomor telepon atau fax

Semua file yang dibutuhkan telah diupload


vii

Kata kunci

Gambar

Tabel (termasuk judul, deskrispi, catatan kaki)

Hal selanjutnya yang harus diperhatikan

Gunakan penomoran baris (tiap 5 baris) untuk memudahkan pengkajian

naskah

Naskah telah dicek tata bahasa dan pengucapannya

Pustaka telah ditulis sesuao format di dalam jurnal ini

Semua pustaka yang ditulis di dalam daftar pustaka disinggung di dalam

teks

Izin telah didapat dari untuk materi yang memiliki hak cipta yang berasal

dari sumber lain (termasuk web)

SETELAH ARTIKEL DITERIMA

Perbaikan

Naskah yang telah dikoreksi akan dikirimkan kembali dalam bentuk pdf kepada

corresponding author (melalui alamat email) sehingga penulis dapat mengunduh

untuk keperluan pribadi. Gunakan perbaikan ini untuk mengecek urutan

penulisan, mengedit, menyempurnakan dan memperbaiki tulisan, tabel dan

gambar. Pengiriman naskah yang telah diperbaiki menyertakan koreksi pertama

dari editor ini. Perubahan signifikan dari artikel yang disetujui untuk

dipublikasikan dalam jurnal ini harus mendapat persetujuan dari penerbit. Kami

akan berusaha untuk mempublikasikan artikel anda akurat dan cepat sehingga

diharapkan kami menerima hasil koreksi anda paling lambat 5 hari kerja. Sangat

penting koreksi artikel dilakukan dalam satu kali komunikasi sehingga cermati

hal-hal yang harus dikoreksi sebelum dikirimkan kembali ke editor jurnal.

Naskah yang dipublikasikan

Artikel akan diberikan kepada corresponding author dalam bentuk pdf melalui

email. Penulis akan menerima artikel sesuai format yang terbit di dalam jurnal

dan disertai dengan cover jurnal.


viii

DAFTAR ISI

hal

Halaman Judul …………………………………………………………………………................

Petunjuk Penulisan .........................................................................................................................

Daftar Isi ………………………………………………………………………….....………........

i

ii

viii

1 Penggunaan Antikoagulan Oral Baru pada Fibrilasi Atrium ………………………………. 1

2 SGLT-2 Inhibitor: Pilihan Terapi Baru untuk Penderita DM Tipe 2 ………………………. 7

3 Penggunaan Polivinill Pirolidon (PVP) Sebagai Bahan Pengikat Pada Formulasi Tablet

Ekstrak Daun Sirih (Piper betle L.) …………………………………………………………

14

4 Optimasi Konsentrasi Pulvis Gummi Arabicum (PGA) sebagai Emulgator Formulasi Emulsi

Ekstrak Rimpang Kunyit (Curcuma longa) ………………………………………………….

22

5 Standardisasi Spesifik dan Non-Spesifik Simplisia dan Ekstrak Etanol 96% Rimpang

Kunyit (Curcuma domestica Val.) …………………………………………………………..

29

6 Uji Aktivitas Analgesik Ekstrak Etanol Daun Jeruk Limau (Citrus amblycarpa (Haskk.)

Ocshe) pada Mencit Jantan Galur Balb/C dengan Metode Hot Plate ……………………….

36

7 Molecular Docking Terpinen-4-ol pada Protein IKK sebagai Antiinflamasi pada

Aterosklerosis secara In Silico ………………………………………………………………

44

8 Efek Penggunaan Obat Antidiabetes terhadap Luaran Terapi Pasien Diabetes Melitus Tipe

2 Komplikasi Retinopati Diabetik di RSUP Sanglah Denpasar …………………………….

50

Susanti dkk.

DOI: https://doi.org/10.24843/JFU.2019.v08.i01.p07

pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607

Jurnal Farmasi Udayana, Vol 8, No 1, Tahun 2019, 44-49

44

Molecular Docking Terpinen-4-ol pada Protein IKK sebagai Antiinflamasi pada Aterosklerosis secara In Silico

Susanti, N.M.P.1*, N.P.L. Laksmiani1, P.P.P. Dewi1, P.Y.C. Dewi1

1 Program Studi Farmasi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Udayana, Bukit Jimbaran, Badung, 80361

*Penulis korespondensi: [email protected]

ABSTRAK Aterosklerosis merupakan penyakit inflamasi kronis yang diawali dengan disfungsi endotel sehingga

terjadi penumpukan lemak dan pertumbuhan plak pada dinding dalam arteri. Disfungsi endotel akan mengaktifkan jalur Nuclear Factor Kappa B (NF-ĸB) yang melibatkan protein IKK. Terpinen-4-ol merupakan senyawa yang terdapat di dalam rimpang bangle (Zingiber cassumunar) dan diketahui memiliki aktivitas antiinflamasi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui afinitas dan mekanisme terpinen-4-ol terhadap IKK sebagai antiinflamasi pada aterosklerosis yang dilakukan menggunakan metode molecular docking. Hasil docking dinilai dari energi ikatan dan ikatan hidrogen yang terbentuk antara terpinen-4-ol dengan protein. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terpinen-4-ol memiliki aktivitas dalam menghambat proses inflamasi karena mampu menghambat protein IKK dengan nilai energi ikatan sebesar -4,89 kkal/mol. Mekanisme molekuler dalam menghambat aktivitas protein IKK melalui pembentukan ikatan hidrogen pada protein-protein tersebut. Hasil tersebut memperlihatkan bahwa terpinen-4-ol berpotensi menghambat proses inflamasi sehingga pembentukan plak aterokslerosis dapat terhambat.

Kata kunci: Aterosklerosis, Terpinen-4-ol, Molecular Docking, In Silico

ABSTRACT Atherosclerosis is a chronic inflammatory disease that begins with endothelial dysfunction, it caused fat accumulation

and plaque growth in the inner arteries walls. Endothelial dysfunction will activate the Nuclear Factor Kappa B (NF-kB) pathway involving IKK proteins. Terpinen4-ol is constituent found in the bangle (Zingiber cassumunar) rhizome. The purpose of this study were to determine the affinity and mechanisms of terpinen-4-ol against IKK protein as anti-inflammatory in atherosclerosis performed using molecular docking method. The docking result are assessed from the binding energy and hydrogen bonds formed between terpinen-4-ol and protein. The result showed that terpinen-4-ol has activity in inhibiting the inflammatory process because it is able to disturb IKK protein with bond energy values -4.89 kcal/mol. The molecular mechanism in inhibiting the activity of IKK protein through the formation of hydrogen bonds in these proteins. These result show that terpinen-4-ol has the potential to inhibiting inflammatory process and it caused the formation of atherosclerotic plaque can be obstructed.

Keywords: Atherosclerosis, Terpinen-4-ol, Molecular Docking, In Silico

1. PENDAHULUAN Penyakit kardiovaskuler merupakan

penyakit yang diakibatkan oleh adanya

gangguan pada jantung dan pembuluh darah. Diperkirakan 17,5 juta orang meninggal karena penyakit kardiovaskular pada tahun 2012 dan

https://doi.org/10.24843/JFU.2019.v08.i01.p07

Susanti dkk.


pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607


46

sebanyak 17,9 juta orang meninggal pada tahun 2016 (WHO, 2017; Kemenkes RI, 2017). Penyakit jantung coroner merupakan penyakit kardiovaskular yang terjadi akibat penyempitan dan penyumbatan pembuluh arteri koroner pada organ jantung sehingga menyebabkan terganggunya aliran darah ke jantung. Penyempitan arteri koroner dimulai dengan terjadinya aterosklerosis (Montalescot et al., 2013).

Aterosklerosis merupakan suatu penyakit akibat proses inflamasi kronis (Warboys, 2011). Disfungsi endotel merupakan awal terjadinya aterosklerosis (Hadi et al., 2005). Disfungsi endotel akan memicu LDL masuk dan terakumulasi pada matriks ekstraselular intima endotel (Douglas el al., 2010). Sitokin akan memicu diferensiasi monosit menjadi makrofag dan memfagositosis LDL-Oksidasi sehingga membentuk sel busa yang berkontribusi dalam terjadinya plak aterosklerosis (Francis and Pierce, 2011; Warboys, 2011). Sitokin yang memicu proinflamasi yang berperan dalam pathogenesis aterosklerosis terdiri dari TNF, IL-1, IL-18. Aktivasi jalur NF-ĸB diawali dengan aktivasi IKK oleh sitokin proinflamasi dan menyebabkan terjadinya fosforilasi IĸB. NF-ĸB terlepas dari kompleks NF-ĸB-IĸB menuju nukleus dan berikatan dengan gen ĸB sehingga mendukung proses transkripsi gen proinflamasi (Tedgui and Mallat, 2006).

Terpinen-4-ol merupakan salah satu golongan terpenoid yang merupakan konstituen utama yang terkandung di dalam rimpang bangle (Zingiber cassumunar). Penelitian menunjukkan bahwa ekstrak etanol Zingiber cassumunar dapat menghambat COX dan produksi matriks metalloproteinase MMP-2 dengan memblokir jalur sinyal proinflamasi yang melibatkan ERK 1/2, JNK dan p38 pada jalur MAPK (Koontongkaew et al., 2013). Berdasarkan uraian tersebut maka dilakukan penelitian molecular docking secara in silico untuk memprediksi interaksi antara suatu protein IKK dengan terpinen-4-ol secara molekuler.

2. BAHAN DAN METODE

Bahan Penelitian Bahan yang digunakan dalam penelitian

ini adalah protein IKK (pdb id: 2I40) yang di-download dari https://www.rcsb.org/pdb/home/home.do dan struktur tiga dimensi terpinen-4-ol dibuat dan dioptimasi menggunakan program HyperChem 8.

Alat Penelitian Peralatan yang digunakan dalam

penelitian ini adalah seperangkat komputer dengan spesifikasi Windows 7 64 bit dan program Autodock 4.2 pada OS Windows untuk molecular docking, Chimera 1.10.1 untuk preparasi protein, dan HyperChem 8 untuk preparasi dan optimasi struktur tiga dimensi terpinen-4-ol.

Preparasi Protein Preparasi protein diawali dengan

memilih protein dalam bentuk aktif yang berikatan dengan native ligand. Selanjutnya dilakukan pemisahan native ligand dari protein menggunakan program Chimera 1.10.1 sehingga tersedia pocket cavity dan diketahui bentuk pocket serta koordinat pocket sebagai bahan docking.

Preparasi dan Optimasi Senyawa Terpinen-4-ol

Struktur 3D terpinen-4-ol dibuat dan dioptimasi dengan program HyperChem 8. Optimasi struktur 3D terpinen-4-ol dilakukan menggunakan metode komputasi semi-empiris AM1 dengan melakukan kalkulasi dengan single point serta optimasi geometri.

Validasi Metode Molecular Docking Validasi metode dilakukan dengan

redocking native ligand pada protein target yang sebelumnya sudah dipisahkan native ligand-nya menggunakan program Autodock 4.2. Hasil docking akan menunjukkan senyawa dengan energi ikatan terendah untuk berikatan dengan potein target. Kemudian dilihat nilai RMSD senyawa hasil docking. Metode dikatakan valid apabila nilai RMSD yang diperoleh ≤ 3Å sehingga dapat dilakukan docking senyawa uji dengan protein target (Jain and Nicholls, 2008).


https://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

Susanti dkk.


pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607


47

Untuk memperoleh metode yang valid, maka dilakukan pengaturan pada grid box sehingga diperoleh nilai RMSD ≤ 3Å.

Docking Terpinen-4-ol pada Protein IKK

Terpinen-4-ol ditambatkan pada protein yang telah dipisahkan native ligand-nya dengan program Autodock 4.2 menggunakan grid box yang sama dengan saat validasi metode. Hasil yang diperoleh akan menunjukkan senyawa dengan konformasi dan energi ikatan terendah untuk membentuk ikatan dengan protein IKK.

Analisis Data Analisis data dilakukan berdasarkan

energi ikatan yang diperoleh dari hasil docking. Energi ikatan berhubungan dengan kekuatan ikatan (afinitas) antara senyawa uji dengan reseptor. Mekanisme aktivitas dapat dilihat dari jenis ikatan yang terbentuk antara terpinen-4-ol dengan protein IKK.

3. HASIL

Preparasi Protein IKK

Protein IKK memiliki 4 rantai, yaitu rantai A, B, C, dan D. Rantai A dan C mengikat native ligand inhibitor IKK, yaitu 5-[5,6-bis(methyloxy)-1H-benzimidazol-1-yl]-3-{[1-(2-chlorophenyl)ethyl]oxy}-2-thiophenecarboxamide (BLZ). Pada penelitian ini preparasi terhadap protein IKK dilakukan menggunakan rantai A. Struktur protein dan native ligand ditunjukkan pada Gambar 1.

Validasi Metode Molecular Docking Hasil validasi metode ditampilkan pada

Tabel 1 dan visualisasi interaksi yang terjadi ditamplikan pada Gambar 2.

Gambar 1. Struktur Protein IKK (A) dan Native Ligand (B) yang Telah Terpisah

Tabel 1. Hasil Validasi Metode Molecular Docking

Ligan

Energi

Ikatan

(kkal/

mol)

RMSD

(Å)

Residu

Asam

Amino

Gugus

BLZ -9,41 0,72 Leu83 HN-N6

Asp145 HN-O25

Gambar 2. Visualisasi Interaksi Native Ligand

dengan Protein IKK. Ikatan Hidrogen ditandai

dengan deretan bola bewarna hijau. Kompleks

protein digambarkan berupa struktur di sekitar

native ligand

Preparasi dan Optimasi Struktur 3D Terpinen-4-ol

Struktur 3D terpinen-4-ol dipreparasi dan dioptimasi menggunakan program Hyperchem 8. Hasil optimasi ditampilkan pada Gambar 3.

Docking Terpinen-4-ol Docking terpinen-4-ol dilakukan dengan

program Autodock 4.2. menggunakan koordinat tempat interaksi seperti native ligand. Hasil docking yaitu berupa energi ikatan dan ikatan hidrogen. Hasil docking ditampilkan

A B


Susanti dkk.


pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607


48

pada Tabel 2 dan Visualisasi interaksi yang terjadi ditunjukan pada Gambar 4.

4. PEMBAHASAN Proses preparasi protein dilakukan untuk

menyediakan ruang (pocket) sebagai tempat ikatan dengan cara memisahkan protein dengan native ligand-nya. Pada penelitian ini preparasi terhadap protein IKK dilakukan menggunakan rantai A. Hasil dari proses preparasi protein yaitu protein tanpa native ligand dan native ligand yang disimpan dalam bentuk file pdb.

Validasi metode dilakukan dengan redocking protein tanpa ligand dengan native ligand yang telah dipisahkan sebelumnya menggunakan program Autodock 4.2. Parameter dari validasi metode yaitu RMSD (Root Mean Square Deviation). RMSD menunjukkan tingkat penyimpangan hasil docking ligand secara eksperimental terhadap ligand hasil kristalografi pada binding site yang sama. Semakin besar nilai RMSD, maka semakin besar penyimpangan yang menunjukkan semakin besar kesalahan prediksi interaksi ligan dengan protein (Nauli, 2014). Suatu metode molecular docking dikatakan valid apabila memiliki nilai RMSD ≤ 3 Å (Jain and Nichollas., 2008). Semakin kecil nilai RMSD yang diperoleh menunjukkan konformasi yang semakin baik karena posisi ligan hasil redocking yang semakin mendekati posisi ligand hasil kristalografi (Bissantz et al., 2000). Berdasarkan hasil yang diperoleh dapat dikatakan bahwa metode sudah valid. Selain menghasilkan data berupa nilai RMSD, dalam tahap validasi juga diperoleh data berupa energi ikatan dan ikatan hidrogen yang terbentuk antara native ligand dengan residu asam amino pada protein. Energi ikatan menunjukkan afinitas dan kestabilan ikatan antara native ligand

Gambar 3. Struktur 3D Terpinen-4-ol dengan

kalkulasi single point (A) dan Optimasi

Geometri (B)

Tabel 2. Hasil Docking Terpinen-4-ol

Ligan Energi

Ikatan

(kkal/mo

l)

Residu

Asam

Amino

Gugus

Terpine

n-4-ol

-4,89 Leu83 HN-O

Leu83 O-H

Gambar 4. Visualisasi Interaksi Terpinen-4-ol

dengan Protein IKK

dengan protein saat dilakukan redocking. Sedangkan ikatan hidrogen adalah salah satu ikatan non kovalen yang mempunyai peran penting dalam penentuan aktivitas biologi yang dihasilkan (Wijaya dkk., 2003).

Struktur 3D terpinen-4-ol digambar kemudian dilakukan pengukuran single point untuk mengetahui energi awal dari struktur. Energi yang diperoleh saat dilakukan kalkulasi single point terpinen 4-ol sebesar -2892,702163 kkal/mol, kemudian dilakukan optimasi geometri. Pada proses optimasi geometri,

A B


Susanti dkk.


pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607


49

energi akan diminimalisasi sehingga terjadi penurunan energi dan diperoleh struktur senyawa yang lebih stabil (Fitriasari dkk., 2008). Energi struktur terpinen-4-ol setelah dilakukan optimasi geometri yaitu -2907,5570 kkal/mol.

Hasil yang diperoleh dari proses docking antara terpinen-4-ol dengan protein IKK berupa energi ikatan dan ikatan hidrogen pada sepuluh konformasi terbaik. Semakin kecil energi ikatan yang diperoleh maka semakin stabil ikatan yang terjadi antara terpinen-4-ol dengan protein tersebut. Energi ikatan terpinen-4-ol dengan protein IKK yaitu -4,89 kkal/mol. Energi ikatan tersebut lebih besar dibandingkan dengan native ligand-nya. Hal ini menunjukkan bahwa afinitas terpinen-4-ol lebih rendah pada protein tersebut,namun masih dapat membentuk ikatan hidrogen dengan sisi aktif dari protein-protein target serta energi ikatan yang dihasilkan bernilai negatif. Selain diperoleh energi ikatan, proses docking juga menghasilkan data ikatan hidrogen antara terpinen-4-ol dengan protein target, dimana terbentuk 2 ikatan hidrogen yang melibatkan residu Leu83.

Berdasarkan hasil yang diperoleh terpinen-4-ol berpotensi mampu mencegah pembentukan plak aterosklerosis melalui jalur inflamasi dengan menghambat protein-protein yang terlibat dalam jalur NF-ĸB. Ikatan terpinen-4-ol dengan protein tersebut dapat menghambat transkripsi gen proinflamasi dan migrasi otot polos sehingga pembentukan plak dapat dihambat.

5. KESIMPULAN Terpinen-4-ol berpotensi menghambat

pembentukan plak pada aterosklerosis karena memiliki afinitas terhadap protein IKK melalui pembentukan ikatan hidrogen dengan protein

tersebut sehingga dapat mencegah inflamasi dalam pembentukan plak secara in silico.

6. UCAPAN TERIMAKASIH Penulis mengucapkan terimakasih

kepada semua pihak yang telah membantu penelitian ini.

7. DAFTAR PUSTAKA

Bissantz, C., Folkers, G., and Rognan, D. 2000. Protein-Based Virtual Screening of Chemical Databases. 1. Evaluation of Dofferent Docking/Scoring Combinations. Journal of Medicinal Chemistry. Vol.43:4759-4767.

Douglas, G., Channon, K.M. 2014. The Pathogenesis of Atherosclerosis. Medicine.Vol.42:480-484.

Fitriasari, A., Wijayanti, N. K., Ismiyati, N., Dewi, D., Kundarto, W., Sudarmanto, B. S. A., dan Meiyanto., E. 2008. Studi Potensi Kurkumin dan Analognya sebagai Selective Estrogen Receptor Modulator (SERMs): Docking pada Reseptor Estrogen ß. Pharmacon.Vol.9:27-32.

Francis, A. A. and Pierce, G.N. 2011. An Integrated Approach dor The Mecanism Responsible for Atherosclerotic Plaque Regression. Experimental and Clinical Cardiology.Vol.16:77-86.

Hadi, A. R. H., Carr, C.S. and Suwaidi, J.A. 2005. Endothelial Dysfungtion: Cardiovascular Risk Factors, Therapy, and Outcome. Vascular Health and Risk Management.Vol. 1:183-198.

Jain, A. N. and A. Nicholls. 2008. Recommendation for Evaluation of Computational Methods. Journal of Computer-Aided Molecular Design. Vol.22:133-139.

Koontongkaew, S., Meesuk, L., Aupaphong, V., Dechatiwongse Na Ayudhya, T. and Poachanukoon, O. 2013. Inhibitory Effect of Zingiber cassumunar Extract

on Lipopolysaccharide-Induced Cyclooxygenase-2 and Matrix Metalloproteinase Expression in Human Gingival Fibroblasts. J Periodont.Vol.48:507-516.


Susanti dkk.


pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607


50

Montalescot, G., Sechtem, U., Achenbach, S., Andreotti, F., Arden, C., Budaj, A., et al. 2013. 2013 ESC Guidelines in The Management of Stable Coronary Artery Disease. European Heart Journal.Vol.34:2949-3003.

Nauli, T. 2014. Penentuan Sisi Aktif Selulase Aspergillus Niger dengan Docking Ligan, JKTI.Vol. 16: 94-100.

Tedgui, A. and Mallat, Z. 2006. Cytokines in Atherosclerosis: Pathogenic and Regulatory Pathways.Physicological Reviews.Vol. 86:515-581.

Warboys, C. M., Amini, N., Luca, A.D. and Evans, P.C. 2011. The Role of Blood Flow in Determining The Sites of

Atherosclerotic Plaque. F1000 Report Medicine.Vol. 3:1-8.

Wijaya, K., Tahir, I., dan Harnowo. 2003. Study of Double Protons Migration Mechanism in Supramolecular Structures of Acetic Acid-Water and Acetic Acid Ammonia by Ab Initio Method, Indonesian Journal of Chemistry.Vol. 3:102-110.

World Health Organization. 2017, Cardiovascular Disesase (CVDs), Available at http://www.who.int/en/news-room/fact-sheets/detail/cardiovascular-diseases-(cvds) [Cited on October 2018].


http://www.who.int/en/news-room/fact-sheets/detail/cardiovascular-diseases-(cvds)



JURNAL FARMASI UDAYANA...dan review article pada semua aspek ilmu farmasi yang bersifat inovatif,...

Documents

Transcript of JURNAL FARMASI UDAYANA...dan review article pada semua aspek ilmu farmasi yang bersifat inovatif,...